Mcrypt на WHM/cPanel
Для того чтобы включить поддержку mcrypt в WHM нужно воспользоваться модулем EasyApache.
Он доступен в разделе Software:

Жмем шестеренку в колонке Actions и настраиваем профиль, который использовался для последнего билда:

В принципе на всех экранах можно жать кнопку Next Step, если кроме mcrypt никаких изменений не нужно.
На странице Short Options List (которая относится к php) нужно выбрать Exhaustive Options List.
С помощью сочетания клавиш Ctrl+F находим mcrypt и ставим на против него галочку.

Кнопка Save and Build находится внизу страницы.
Подобным образом добавляются другие модули. Учтите, что apache будет при этом перекомпилирован, что может сказаться на доступности сайтов.